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김보라
김보라 (Pora Kim) 저자 이메일 보기
The University of Texas Health Science Center at Houston
 
조회 701  인쇄하기 주소복사 트위터 공유 페이스북 공유 
FusionGDB: fusion gene annotation DataBase
열기 Authors and Affiliations

Abstract

Gene fusion is one of the hallmarks of cancer genome via chromosomal rearrangement initiated by DNA double-strand breakage. To date, many fusion genes (FGs) have been established as important biomarkers and therapeutic targets in multiple cancer types. To better understand the function of FGs in cancer types and to promote the discovery of clinically relevant FGs, we built FusionGDB (Fusion Gene annotation DataBase) available at https://ccsm.uth.edu/FusionGDB. We collected 48 117 FGs across pan-cancer from three representative fusion gene resources: the improved database of chimeric transcripts and RNA-seq data (ChiTaRS 3.1), an integrative resource for cancer-associated transcript fusions (TumorFusions), and The Cancer Genome Atlas (TCGA) fusions by Gao et al. For these ∼48K FGs, we performed functional annotations including gene assessment across pan-cancer fusion genes, open reading frame (ORF) assignment, and retention search of 39 protein features based on gene structures of multiple isoforms with different breakpoints. We also provided the fusion transcript and amino acid sequences according to multiple breakpoints and transcript isoforms. Our analyses identified 331, 303 and 667 in-frame FGs with retaining kinase, DNA-binding, and epigenetic factor domains, respectively, as well as 976 FGs lost protein-protein interaction. FusionGDB provides six categories of annotations: FusionGeneSummary, FusionProtFeature, FusionGeneSequence, FusionGenePPI, RelatedDrug and RelatedDisease.

논문정보
- 형식: Research article
- 게재일: 2018년 11월 (BRIC 등록일 2018-12-16)
- 연구진: 국외연구진
- 분야: Bioinformatics
  댓글 1
회원작성글 UT  (2019-01-09 16:04)
김보라 교수님 대단하십니다. 연구성과가 지속적으로 좋아지네요! 잘 읽었습니다. 좋은 논문 기대할께요
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