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천종식
천종식 (Jongsik Chun) 저자 이메일 보기
서울대학교
 
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OrthoANI: An improved algorithm and software for calculating average nucleotide identity
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Abstract
Species demarcation in Bacteria and Archaea is mainly based on overall genome relatedness, which serves a framework for modern microbiology. Current practice for obtaining these measures between two strains is shifting from experimentally determined similarity obtained by DNADNA hybridization (DDH) to genome-sequence-based similarity. Average nucleotide identity (ANI) is a simple algorithm that mimics DDH. Like DDH, ANI values between two genome sequences may be different from each other when reciprocal calculations are compared. We compared 63-690 pairs of genome sequences and found that the differences in reciprocal ANI values are significantly high, exceeding 1% in some cases. To resolve this problem of not being symmetrical, a new algorithm, named OrthoANI, was developed to accommodate the concept of orthology for which both genome sequences were fragmented and only orthologous fragment pairs taken into consideration for calculating nucleotide identities. OrthoANI is highly correlated with ANI (using BLASTn) and the former showed approximately 0.1% higher values than the latter. In conclusion, OrthoANI provides a more robust and faster means of calculating average nucleotide identity for taxonomic purposes. The standalone software tools are freely available at http://www.ezbiocloud.net/sw/oat.
논문정보
- 형식: Research article
- 게재일: 2016년 02월 (BRIC 등록일 2018-04-30)
- 연구진: 국내연구진태극기
- 분야: Evolution
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