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김상욱
김상욱 (Sanguk Kim) 저자 이메일 보기
POSTECH
 
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Divergence of non-coding regulatory elements explains gene-phenotype differences between human and mouse orthologous genes
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Abstract
Mice have been widely used as a model organism to investigate human gene-phenotype relationships based on a conjecture that orthologous genes generally perform similar functions and are associated with similar phenotypes. However, phenotypes associated with orthologous genes often turn out to be quite different between human and mouse. Herein, we devised a method to quantitatively compare phenotypes annotations associated with mouse models and human. Using semantic similarity comparisons, we identified orthologous genes with different phenotype annotations, of which the similarity score is on a par with that of random gene pairs. Analysis of sequence evolution and transcriptomic changes revealed that orthologous genes with phenotypic differences are correlated with changes in non-coding regulatory elements and tissue-specific expression profiles rather than changes in protein-coding sequences. To map accurate gene-phenotype relationships using model organisms, we propose that careful consideration of the evolutionary divergence of non-coding regulatory elements and transcriptomic profiles is essential.

Keywords: Gene-phenotype relationship, Mouse model, Orthologous gene, non-coding regulatory element, transcriptomic profile
논문정보
- 형식: Research article
- 게재일: 2018년 04월 (BRIC 등록일 2018-04-26)
- 연구진: 국내연구진태극기
- 분야: Evolution, Bioinformatics
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