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박정갑
박정갑 (Jungkap Park) 저자 이메일 보기
Pacific Northwest National Laboratory, 현 Agilent Technologies Inc.
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Informed-Proteomics: open-source software package for top-down proteomics
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Abstract
Top-down proteomics, the analysis of intact proteins in their endogenous form, preserves valuable information about post-translation modifications, isoforms and proteolytic processing. The quality of top-down liquid chromatography–tandem MS (LC-MS/MS) data sets is rapidly increasing on account of advances in instrumentation and sample-processing protocols. However, top-down mass spectra are substantially more complex than conventional bottom-up data. New algorithms and software tools for confident proteoform identification and quantification are needed. Here we present Informed-Proteomics, an open-source software suite for top-down proteomics analysis that consists of an LC-MS feature-finding algorithm, a database search algorithm, and an interactive results viewer. We compare our tool with several other popular tools using human-in-mouse xenograft luminal and basal breast tumor samples that are known to have significant differences in protein abundance based on bottom-up analysis.
논문정보
- 형식: Research article
- 게재일: 2017년 08월 (BRIC 등록일 2017-08-08)
- 연구진: 국외연구진
- 분야: Proteomics, Bioinformatics
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