[DEBUG-WINDOW 처리영역 보기]
BRIC을 시작페이지로 회원가입    로그인
BRIC농수식품
   
통합검색
배너1 배너2 배너3 스폰서배너광고 안내
오늘의 BRIC정보
모바일 BRIC RSS
트위터 페이스북
검색 뉴스레터 안내
좋은 연구문화 만들기
Bio일정
Bio일정
 
Bio일정 프리미엄(유료) 등록이란?
2018 IUBMB SEOUL Plenary Lecture VOD
실험
실험
바이오 형광사진
실험의 달인들
Bio마켓
Bio마켓
BioJob
BioJob
Biojob 프리미엄(유료) 등록이란?
커뮤니티
커뮤니티
대통령과 과학기술자
전체메뉴
대메뉴안내: 농수식품
농림성과 수산성과 식품성과 인터뷰
이창희
이창희 (Changhee Lee) 저자 이메일 보기
경북대학교
 
조회 322  인쇄하기 주소복사 트위터 공유 페이스북 공유 
Prevalence, complete genome sequencing and phylogenetic analysis of porcine deltacoronavirus in South Korea, 2014–2016

G. Jang1, K.-K. Lee2, S.-H. Kim2 and C. Lee1,*

1
Animal Virology Laboratory, School of Life Sciences, BK21 Plus KNU Creative BioResearch Group, Kyungpook National University, Daegu, Korea
2Animal Disease Diagnostic Division, Animal and Plant Quarantine Agency, Gimcheon, Korea

* Correspondence : C. Lee, School of Life Sciences, College of Natural Sciences, Kyungpook National University, Daegu, Korea.

Summary
Porcine deltacoronavirus (PDCoV) is a newly emerged enterotropic swine coronavirus that causes enteritis and diarrhoea in piglets. Here, a nested reverse transcription (RT)-PCR approach for the detection of PDCoV was developed to identify and characterize aetiologic agent(s) associated with diarrhoeal diseases in piglets in South Korea. A PCR-based method was applied to investigate the presence of PDCoV in 683 diarrhoeic samples collected from 449 commercial pig farms in South Korea from January 2014 to December 2016. The molecular-based survey indicated a relatively high prevalence of PDCoV (19.03%) in South Korea. Among those, the monoinfection of PDCoV (9.66%) and co-infection of PDCoV (6.30%) with porcine epidemic diarrhoea (PEDV) were predominant in diarrhoeal samples. The full-length genomes or the complete spike genes of the most recent strains identified in 2016 (KNU16-07, KNU16-08 and KNU16-11) were sequenced and analysed to characterize PDCoV currently prevalent in South Korea. We found a single insertion-deletion signature and dozens of genetic changes in the spike (S) genes of the KNU16 isolates. Phylogenetic analysis based on the entire genome and spike protein sequences of these strains indicated that they are most closely related to other Korean isolates grouped with the US strains. However, Korean PDCoV strains formed different branches within the same cluster, implying continuous evolution in the field. Our data will advance the understanding of the molecular epidemiology and evolutionary characteristics of PDCoV circulating in South Korea.

Keywords: full-length genome;nested RT-PCR;PDCoV;PDCoV;prevalence

논문정보
- 형식: Research article
- 게재일: 2017년 07월 (BRIC 등록일 2017-08-04)
- 연구진: 국내연구진 태극기
- 분야: Veterinary_Science
  댓글 0
등록
 
목록
에펜도르프(T:1577-4395)
외부관련링크
Google scholar (by Changhee Lee)
Pubmed (by Changhee Lee)
프리미엄 Bio일정 Bio일정 프리미엄 안내
강북삼성병원 개원 50주년 기념 국제심포지엄
강북삼성병원 개원 50주년 기념 국제심포지엄
사전접수: ~2018.07.18
날짜: 2018.07.20
장소: 중앙일보빌딩 호암아트홀 (서울시 중구 서소문로 100)
의료기기 임상시험의 이해 과정
의료기기 임상시험의 이해 과정
날짜: 2018.06.27~29
장소: 경기도 성남시 분당구 판교역로 182 한국반도체산업협회 건물 9층
임상시험 관리 과정
임상시험 관리 과정
날짜: 2018.06.20~22
장소: 경기도 성남시 분당구 대왕판교로 700 코리아바이오파크 B동 지하1층 세미나실
[The 12th Catholic International Stem Cell Symposium] 제12차 가톨릭국제줄기세포심포지엄
[The 12th Catholic International Stem Cell Symposium] 제12차 가톨릭국제줄기세포심포지엄
초록접수: ~2018.06.10
사전접수: ~2018.06.24
날짜: 2018.06.29
장소: 가톨릭대학교 성의교정 마리아홀(서울 반포)
이전페이지로 돌아가기 맨위로 가기
 

BRIC 홈    BRIC 소개    회원    검색    문의/FAQ    광고    후원
Copyright © BRIC. All rights reserved. Contact member@ibric.org

 
에펜도르프코리아