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김민석
김민석 (Minseok Kim) 저자 이메일 보기
The Ohio State University, 현 전남대학교
 
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Status of the phylogenetic diversity census of ruminal microbiomes
Minseok Kim1, Mark Morrison1,2 & Zhongtang Yu1

1Department of Animal Sciences, The Ohio State University, Columbus, OH, USA; and 2CSIRO Livestock Industries, St Lucia, Qld, Australia

Correspondence: Zhongtang Yu, Department of Animal Sciences, The Ohio State University, 2029 Fyffe Road, Columbus,OH 43210, USA.

In this study, the collective microbial diversity in the rumen was examined by performing a meta-analysis of all the curated 16S rRNA gene (rrn) sequences deposited in the RDP database. As of November 2010, 13 478 bacterial and 3516 archaeal rrn sequences were found. The bacterial sequences were assigned to 5271 operation taxonomic units (OTUs) at species level (0.03 phylogenetic distance) representing 19 existing phyla, of which the Firmicutes (2958 OTUs), Bacteroidetes (1610 OTUs) and Proteobacteria (226 OTUs) were the most predominant. These bacterial sequences were grouped into more than 3500 OTUs at genus level (0.05 distance), but only 180 existing genera were represented. Nearly all the archaeal sequences were assigned to 943 species-level OTUs in phylum Euryarchaeota. Although clustered into 670 genus-level OTUs, only 12 existing archaeal genera were represented. Based on rarefaction analysis, the current percent coverage at species level reached 71% for bacteria and 65% for archaea. At least 78 218 bacterial and 24 480 archaeal sequences would be needed to reach 99.9% coverage. The results of this study may serve as a framework to assess the significance of individual populations to rumen functions and to guide future studies to identify the alpha and global diversity of ruminal microbiomes.

Keywords : 16S rRNA gene, rrn, OTUs, rarefaction analysis, ruminal microbiomes

논문정보
- 형식: Research article
- 게재일: 2011년 04월 (BRIC 등록일 2015-06-05)
- 연구진: 국외연구진
- 분야: Microbiology, Ecology
- 피인용횟수: 최근 3년간 60회 이상 인용된 논문
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발표: 정현환 (Baylor College of Medicine, Texas C...)
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