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 전체 > Molecular Biology-DNA > DNA Modification
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질문 CRISPR-CAS9을 아무데나 적용가능한건가요?
올챙이ㅁㅁㅈㅈ(과기인)  |  04.11 16:11

안녕하십니까 Bacteria쪽 실험하는 학생입니다.

제가 이번에 bacteria 하나를 NGS로 전체 genome을 분석해 이 박테리아의 floc 형성에 중요한 영향을 미치는 유전자, 단백질을 찾고 실제로 이 역할을 하는지 알아내기 위해 처음엔 타겟 gene을 pcr해 플라스미드 백터에 삽입해 E.coli에 이식하는 방법을 생각했습니다만 이걸로 floc이 겉으로 드러날것이란 보장이 없어 아예 다르게 생각해 원본 박테리아에서 선택적으로 floc형성 관련 유전자를 절단, 제거함으로써 돌연변이를 만들어 이 균주도 여전히 floc을 형성하는지를 보는건 어떨까 생각해보았습니다.

거기서 요즘은 나온지 꽤 된 crispr-cas9이 생각났습니다만 제가 cas9에 대해선 학사과정에서 배우는 정말 간단한 원리만 알뿐이고 실적용이 가능한가의 여부나 적용시 주의사항같은건 아는게 하나도 없고 가격이 얼마나 비싼지도 잘 모릅니다. 교수님께 물어보았지만 교수님 전공분야가 아닌데다가 최신기술이다보니 잘 모르시는건 매한가지인것같고요.

그래서 제가 질문드리고 싶은 사항은 크게

1. cas9이 대부분의 박테리아에 적용이 가능한가요? 범위가 한정되어있다면 그 범위를 알고싶습니다.

2. cas9을 이용하면 위에서 말한것처럼 특정유전자를 깔끔하게 침묵시키거나 제거하는것이 가능할까요?

3. cas9의 대표적인 단점이 있다면 그것역시 알고싶습니다.

#CRISPR
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

안녕하세요. 써모피셔 싸이언티픽 장윤희 입니다.

질문 주신 내용에 대한 답변 드립니다.

1. cas9이 대부분의 박테리아에 적용이 가능한가요? 범위가 한정되어있다면 그 범위를 알고싶습니다. : 어떤 박테리아를 사용하시는지 모르겠으나 형질전환을 위해 사용하시던 vector system에서 pU6-gRNA-pO.X.-Cas9 카세트를 도입하셔서 사용해보시길 권장 해 드립니다. RNP보다는 plasmid based로 실험 하셔야 할 것 같습니다.

2. cas9을 이용하면 위에서 말한것처럼 특정유전자를 깔끔하게 침묵시키거나 제거하는것이 가능할까요? CRISPR-Cas9의 목적은 KO(넉아웃)/KI(넉인) 를 위한 것으로 screening 과정을 통해서 single clone을 만들 수  있습니다.

3. cas9의 대표적인 단점이 있다면 그것역시 알고싶습니다 : off-target effect/ PAM 서열에 기반한 디자인(PAM서열 필수)/ KI 효율이 다소 낮음(NHEJ기작이 HDR 기작보다 우세) 등이 있습니다.

감사합니다.

 

장윤희 드림

장윤희  |  04.11 16:46   
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