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 전체 > Molecular Biology-DNA > PCR/RT-PCR/Q-PCR
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질문 qRT-PCR negative control에서 ct가 뜰 때
알야생의잉어킹(대학원생)  |  2018.12.06 23:06
안녕하세요! 비생물랩에서 혼자 pcr하느라 여기 실험게시판 큰 도움 받으며 살고있는 원생입니다.

miRNA의 qRT-PCR을 하는데요
두번에 한번꼴로 negative control(template cDNA 대신 버퍼를 넣음)에서 30 중후반의 ct값이 나와 거슬립니다.

다만 멜팅커브를 보니, 제 타겟의 멜팅포인트가 77.5도인데 이 위양성 커브의 멜팅포인트는 주로 76~76.5도 대로 나오기는 해요. 눈으로 보기에도 ntc 픽만 혼자 옆으로 삐져나와있는 형태이랄까요. 다른 언노운 샘플들은 77.5도에서 78도 정도로 잘 나옵니다.

여기 게시판에서 멜팅온도가 타겟이랑 같을 경우엔 젤을 내려보라고 하신 답변글을 봤는데, 저처럼 다를 땐 그냥 버퍼 오염이겠거니 하고 다른 샘플에서 나온 데이터들을 그대로 사용해도 되는 문제일까요...? 글 읽어주시는 모든 분들께 미리 감사드립니다!
#qRTPCR
 
#false positive
 
#ct
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.

primer dimer일 확률이 높아 보이네요.
gel 걸어서 non specific band인지 dimer인지 확인해보세요

histone  |  2018.12.07    
감사합니다. 그런데 ntc에서 primer dimer가 나오면 혹시 문제가 되나요...? 나온다면 ntc에서만 종종 나오고 분석대상 샘플들은 멀쩡히 잘 나오는 상태라서요.. 그리고 non specific band는 무슨 의미인가요...? 이게 나오면 안좋은건지... 그리고 non specific band와 primer dimer를 어떻게 구분할 수 있을지 궁금합니다...
알야생의잉어킹  |  2018.12.07   
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