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 전체 > Molecular Biology-Protein > Western Blot Analysis
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질문 western blot MAPKs 결과 해석부탁드립니다.ㅠㅠ
알hard(대학원생)  |  12.03 11:55
첨부파일 파일첨부: 20181203_114613.png (98 KB)
이미지 첨부파일

fibroblast cells에서 MAPKs 기전을 보고있습니다.

MAPKs 중 p-ERK, p-JNK 발현은 감소하는 경향성을 나타내는 반면, p-p38을 발현은 농도에 따라 증가하는 경향성을 보입니다.

4반복 실험을 하였으나 결과의 경향성이 같습니다.


비슷한 사례의 논문도 찾아보았으나 서치 능력이 부족한지 찾지 못하였습니다.


어떻게 해석을 해야하는걸까요?.....

제 선배님은 MAPKs(ERK, JNK, p38)은 같은 위치에 3가지로 나뉘는 아이들이라서 모두 같은 경향성을 보여야한다고 하던데... 저는 꼭 3가지 기전의 경향성이 똑같지 않을 수도 있다고 생각하거든요...


도와주세요!..... 고수님들!!..



#western
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.

cell에 주어지는 signal의 종류에 따라 항상 위의 3가지 지표가 동일하게 움직이지는

않습니다.

왜냐하면 ERK, JNK, p38에 내려오는 상류 signal pathway가 각각 다르기 때문에

현재 결과가 타당하는 결과는 p38 상류 지표를 WB로 한번 보세요.

금개구리SPEED  |  12.03 12:20  

SPEED님 답변 감사드립니다.


상위 signal을 확인하려고 하였으나 안티바디 주문시간이 걸려 아직은 확인 전입니다.


p-ERK, p-JNK가 감소하고 p-p38이 증가하는 사례의 논문을 찾고싶은데 어떻게 찾는 것이 좋을까요?ㅠ 구글 서치 하고있는데... 찾기가 쉽지 않습니다......

알hard  |  12.03 14:19  

저도 찾아보고있습니다.

똑같은 조건의 아니면 비교가 불가능 할겁니다.

최종적으로는 상위 시그널도 하나만 보고 해결될 수도 있고 아니면 또 다른 걸 확인해야

하는 일이 발생하는게 signaling pathway를 연구 및 확인하는 일입니다.

금개구리SPEED  |  12.03 14:23  

첨부 결과의 normalization은 어떻게 하나요?

금개구리SPEED  |  12.03 14:25  
현재 결과하고 동일한 패턴은 아닌데 UV stress + 시료 처리 조건에서 위 지표 3개가

같이 움직이지 않는다는 결과가 있는 논문입니다.

이런 결과를 보면 항상 3개 지표가 같이 움직인다고 볼 수는 없습니다.

다른 논문 있으면 다시 올리겠습니다.

Int. J. Mol. Sci. 2016, 17(9), 1449; doi:10.3390/ijms17091449

The Methoxyflavonoid Isosakuranetin Suppresses UV-B-Induced Matrix Metalloproteinase-1 Expression and Collagen Degradation Relevant for Skin Photoaging
금개구리SPEED  |  12.03 14:31  
첨부파일 파일첨부: C3G+H2O2.jpg (91 KB)
이미지 첨부파일
또 다른자료입니다.

첨부 자료는 H2O2 stress에 C3G를 처리한 결과인데 이 결과에서는 p-JNK과 p-p38이

반대의 결과가 나옵니다.
금개구리SPEED  |  12.03 14:38  
첨부파일 파일첨부: DTT stress.jpg (249 KB)
이미지 첨부파일

이번 자료는 DTT stress의 경우인데 이 경우도 3개 지료가 동일 패턴으로움직이지 않습니다.

따라서 연구에 따라 case-by-case로 재현성 있게 결과가 나온다면 타당한 결과로 보고

그 이유를 signaling 상류에서 차이를 발견해 보는게 좋지 않을까 합니다.

금개구리SPEED  |  12.03 14:43  
랩의 선배분 말고 랩의 지도교수님께 여쭤보세요 ^ ^
다르게 나올 수 있습니다.
그리고 주문한 항체 도착하기 전에 b-actin부터 확인하시구요~
저 자료만으로는 정량 데이터를 낼 수 없습니다~
그리고 신호전달을 공부한다면
월드사이언스에서 나온 신호전달이라는 책이 있는데 읽어보세요
다양한 방면에서 굉장히 도움이 될 꺼에요~
개구리Q.E.D.  |  12.03 14:49  

JNK와 ERK, p38이 다르게 변화되는 경우는 충분히 가능합니다.

다른 논문에서 MAPK가 어떻게 움직였는지를 따지는 것보다

자기 자신이 반복실험을 해서 그러한 결과가 나왔다면 그게 맞는 것입니다.

결과를 가지고 판단해야 합니다.

MAPK는 cell survival에도 관여하지만, cell cycle arrest, cell death에도 관여합니다.
따라서 p38의 인산화 증가가 어떤 것과 관련이 있는지를 판단하는 것이 우선입니다.

다른 논문에 나오지 않은 현상이라고 해서 이상한게 아닙니다.
하나의 현상이 관찰되었으면 그것을 어떻게 해석하고 그것이 가지는 의미를 찾아내는 것이 진짜 research 입니다.

참고로, UV에 의한 cell death와 관련한 실험으로 보이는데요.
아마도 sample을 처리하면 cell death 촉진되지 않을까 여겨집니다.
만약 cell death가 촉진된다면 p38 인산화는 cell death signal activation을 시키는 작용을 할 가능성이 높습니다.
P38 인산화 증가와 cell death 유도 사이의 상관관계에 대한 결과는 제법 많으니 찾아보시면 될 듯합니다.


개구리식스센스  |  12.06 17:43  

SPEED님,


많은 레퍼런스 감사드립니다. 선배님이 제 실험결과를 입증할만한 논문을 가져오라 그래서 많이 막막했었는데 감사드립니다.

이 실험의 normalization은 band 값을 수치로 나타내어 표현합니다. 제가 질문을 정확히 이해한건지요?.....

※ 참고로, 경향성이 다를 수 있으나 아무런 영향을 미치지 못하지 증가하는 경향은 거의 없다고 합니다.


Q.E.D.님,

책 추천 감사드립니다. 함번 읽어봐야겠어요. 이 자료만으로는 정량 데이터를 낼 수 없다고 하셨는데 MAPKs 볼 때 저희랩은 베타액틴 대신하여 total form을 대비하여 정량하고있습니다. 혹시 또 다른 방법이 있으신지요?...


식스센스님,

이 실험은 주름기전에 관여하는 MAPKs 기전을 통하여 시료의 항노화를 확인하는 실험입니다. p38의 activation을 무엇으로 해석해야 하는게 옳을까요?....
 


hard  |  12.07 13:33   

우선 cell viability 결과가 없어서 판단을 하긴 힘듭니다.
다만, JNK와 ERK의 phosphorylation이 감소하는 것으로 보아
sample에 의해서 UV-radiated fibroblast의 cell death가 진행 혹은 cell growth가 감소 되는 것으로 보여집니다.

그리고 p38의 phosphorylation이 증가하는 것으로 보아
cell death가 증가한다면 그것인 p38-linked apoptosis가 진행이 될 가능성이
농후해 보입니다. p38은 caspase-3 cleavage를 유도하여 apoptosis를 유도하는 것으로 알려져 있습니니다. 반면에 ERK와 JNK는 p38의 caspase cleavage를 저해합니다.
물론, 절대적인 것은 아닙니다.
세포에 따라서, stress에 따라서 다릅니다.

p38은 caspase-3-independent cell death에도 관여합니다.
중요한 것은 실험을 통해서 관련 인자들을 확인을 해보고
기존에 나와 있는 기전과 비교분석하면서 어떤 의미를 가지는지
입증하면 됩니다.

google로 p38, apoptosis로 검색을 해보면 관련 이미지도 많이 나오니 참고하면 될 것입니다. 단순히 western blotting 결과만으로 해석할 수 없습니다.
위의 조건에서 세포사멸이 일어나는지, cell cycle arrest가 유도되는지, cell growth가 유도되는지, cell death가 억제되는지 등을 보고 위의 결과를 해석하고 분석해나가야할 것입니다.



개구리식스센스  |  12.07 14:28  
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