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신현길
진행중 컴퓨터를 이용한 신약개발 방법론 소개 < 30회 >
신현길(연세대학교, 생명공학과)
컴퓨터는 게임기인줄 알고 살아왔었는데, 컴퓨터라는게 아주 유용하고 나의 수고를 덜어줄 수 있는 좋은 도구라는 것을 대학원 과정 중에 깨닫게 되었습니다. 호기심이 많아서 MOOC에서 재미있는 강의들을 골라서 틈틈히 공부하고 있고, 취미는 외국어 공부입니다.
신약 개발에 들어가는 많은 시간, 비용을 줄이기 위해 컴퓨터를 이용해서 실험을 대체하는 방법들이 다양하게 개발되고 있는데, 이번 글에서는 어떤 방법들이 적용되고 사용되고 있는지 소개하고자 합니다.
[컴퓨터를 이용한 신약 개발] 양자 계산 파일 형식 (File format for quantum mechanical calculation)
양자 계산을 수행하게 되면 분자의 전자 구조를 알 수 있다. 필자는 주로 QSAR 모델 개발을 하는데 필요한 descriptor를 계산하는 수준에서만 사용을 해봤다. 독...
댓글 댓글쓰기  |  10.04  |  조회 1,404
[컴퓨터를 이용한 신약 개발] Molecular dynamics & Monte Carlo simulation
많은 분자들로 구성된 시스템의 성질은 구성 분자들의 서로 다른 구조 및 에너지 상태의 종합적인 결과라고 할 수 있다. 단백질-리간드 복합체를 하나의 시스템...
댓글 댓글쓰기  |  05.31  |  조회 1,746
[컴퓨터를 이용한 신약개발] Force field
Force Field실제 단백질 구조는 고정되어 있는 것이 아니라 끊임없이 움직이고 있는데, 이러한 움직임은 ligand와 단백질간의 상호작용에도 영향을 미친다. 이러...
댓글 댓글쓰기  |  04.09  |  조회 2,010
[컴퓨터를 이용한 신약개발 (CADD)] Scoring function
Scoring functionDocking 과정에서 sampling 알고리즘을 통해 만들어진 conformation들을 평가하기 위해서 사용되는 함수가 scoring function 이다. Binding을...
댓글 댓글쓰기  |  03.20  |  조회 3,863
[컴퓨터를 이용한 신약개발 (CADD)] Molecular Docking (Sampling 알고리즘)
Molecular Docking (Sampling 알고리즘)X-ray crystallography 및 NMR (nuclear magnetic resonance) 기술을 통해 단백질과 리간드(ligand)간의 상호작용을 구조...
댓글 댓글쓰기 1  |  02.26  |  조회 4,078
독성 예측 모델약물 개발 단계에서 약물 후보 물질의 안전성을 평가하는 단계는 후반부에 해당한다. 전임상/임상 시험에서 약물의 안전성을 확인하는데, 여기서 물질의 독성이 나타나게 되면 다시 개발 초기단계로 돌아가서 다시 시...
댓글 댓글쓰기  |  2017.08.14  |  조회 2,665
[컴퓨터를 이용한 신약개발 (CADD)] Transporter 기질 여부 예측
Transporter 기질 여부 예측Transporter 단백질은 약물을 수송하는 역할을 하는데, 간에 발현된 transporter는 간세포내 약물 농도를 결정하는데 있어 핵심적인...
댓글 댓글쓰기  |  2017.07.19  |  조회 1,797
[컴퓨터를 이용한 신약개발 (CADD)] Phase II drug metabolism
Phase II drug metabolismPhase II drug metabolism은 conjugation 반응으로 화합물에 특정 분자구조를 더해줌으로써 친수성을 증가시키는 반응이다. 대부분의 p...
댓글 댓글쓰기  |  2017.06.28  |  조회 2,501
[컴퓨터를 이용한 신약개발 (CADD)] Phase I drug metabolism
Phase I drug metabolismPhase I 대사에서 가장 핵심적인 역할을 하는 효소는 cytochrome P450 (CYP)이다. CYP와 약물 구조 간에 일어나는 반응 메커니즘을 기반...
댓글 댓글쓰기  |  2017.06.21  |  조회 2,844
[컴퓨터를 이용한 신약개발 (CADD)] Metabolism
Metabolism약물 대사 효소 (drug metabolizing enzyme, DME)가 간에만 발현이 되어 있는 것은 아니지만, 간에 가장 많이 발현되어 있고, 실제적으로 간에서 일어...
댓글 댓글쓰기  |  2017.06.14  |  조회 3,029
 
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에펜도르프코리아
Bio통신원 기사등록
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[바이오 신기술] CRISPR/Cas9을 이용하여 PRRS 바이러스에 감염...
이 기사에 의견 올리기 이렇게 엑기스만으로 잘 정리해주셔서 고맙습니다.
[바이오토픽] 구글 딥마인드의 최신병기 알파폴드(AlphaFold),...
이 기사에 의견 올리기 정말 흥미로운 기사입니다. 항상 감사드립니다.
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